L'Orto Botanico di Napoli è uno dei maggiori Orti Botanici italiani per consistenza delle collezioni e per estensione, esso fa parte della facoltà di scienze matematiche, fisiche e naturali. Fu fondato come istituto autonomo, "Real Giardino delle Piante", con finalità scientifiche, educative e tecniche, con decreto del 1807 firmato Giuseppe Bonaparte, preceduto da circa due secoli di maturazione e di tentativi, in quanto l'impianto di un Orto Botanico "statale" a Napoli fu previsto, per la prima volta, dalla
riforma vicereale del conte di Lemnos nel 1615. Quest' Orto non fu mai realizzato; tuttavia, tra la fine del '500 ed i primi dell' 800, vi fu a Napoli una fioritura di piccoli orti botanici privati ad opera di cittadini alcuni dei quali erano anche studiosi di un certo livello come Giovan Vincenzo Pinelli, Giovanni Battista Della Porta e Domenico Cirillo.
La realizzazione fu curata dagli architetti De Fazio e Paoletti. Due successivi decreti (19 febbraio 1810 firmato da Gioacchino Murat e 26 luglio 1812 firmato da Carolina reggente) precisarono la grandiosità degli impianti. Infatti per la realizzazione occorsero alcuni decenni, si spesero ingenti somme e furono utilizzate le migliori competenze culturali dell'epoca.
Michele Tenore ne fu direttore fino al 1860: la sua concezione della botanica come scienza autonoma e non come semplice supporto alla medicina, lo portò ad organizzare l'Orto scientificamente in maniera completamente nuova rispetto ai precedenti "Giardini dei semplici", in cui erano coltivate piante medicinali.
Attualmente, le attività svolte nell'Orto botanico sono molteplici e riguardano la coltivazione e la presentazione a fini espositivi delle collezioni, la ricerca pura e applicata, la conservazione di specie vegetali in via di estinzione e la didattica.
Quest'ultima interessa sia studenti universitari, che frequentano i normali corsi tenuti nel Dipartimento di Biologia vegetale, che studenti delle scuole medie inferiori e superiori che, annualmente, visitano in gran numero  l'Orto botanico guidati da personale specializzato; 12 ettari, 10.000 specie presenti; quasi 25.000 esemplari raggruppati in collezioni, presentate, generalmente, secondo tre diversi criteri: sistematico, ecologico ed etnobotanico.
In alcune aree, infatti, sono presentate specie appartenenti alla medesima categoria tassonomica, ad esempio: il felceto, l'area delle Gimnosperme, l'agrumeto, il palmeto.
Gli agrumi, nonostante siano parte integrante del paesaggio di alcune zone dell'Italia meridionale, non sono piante originarie dell'area mediterranea, ma, probabilmente, dell'Asia tropicale e subtropicale. Tra le immagini presentate, una particolarità genetica: la Chimera da innesto.
Le Palme: nell'Orto botanico, particolarmente tra le Arecacee, è presente una parte significativa delle numerose specie esistenti.
In altre zone sono coltivate piante con esigenze ambientali affini: in apposite vasche una vasta rappresentanza di Ninfee; nell'area meglio esposta, il cosiddetto deserto, sono presenti dal 1970, le Succulente, comunemente intese quali piante grasse.
In altri settori, come nella Sezione Sperimentale delle Piante Officinali, sono coltivate piante utili (medicinali, alimentari, da essenza, tintorie, tessili etc.).
Nella parte più alta dell'Orto botanico, le serre Califano, costituiscono un moderno complesso dotato di sistemi di condizionamento termico e di umidificazione.
Occupano una superficie di circa 5000 mq e si compongono di vari ambienti, che accolgono numerose collezioni: la più importante è senza dubbio quella delle Cycadales.
La serra Merola, costruita in stile neoclassico, edificata pochi anni dopo la fondazione dell'Orto, ospita essenzialmente piante tropicali e subtropicali.
Situato nel castello, il Museo di paleobotanica e di etnobotanica, presenta una collezione di fossili, un albero filogenetico ed una serie di oggetti costruiti con materiale vegetale.

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